PNA设计
1.结合特性。
虽然从理论上讲，PNA可以从两个方向来和目的片段形成杂交体，但实际上，常见的是反向结合（ anti-parallel orientation）。PNA的N末端相当于寡核苷酸的5'端，因此也经常被称为PNA的5'端。和普通的DNA/DNA杂交体相比较，PNA/DNA具有较高的Tm值。一般而言，在100mM NaCl的条件下，每个碱基对的Tm值会升高大约1°C。
2.长度。
由于PNA具有很高的亲和力（higher affinity），因此不需要设计很长的序列，一般而言12-18个已经足以满足需要，这和其他常规25-40个寡核苷酸探针有着巨大的区别。我们要记得，序列越短，则其特异性就越高。对PNA而言，有时更短的序列也会达到预期的效果。反而长的PNA会发生聚集沉淀（aggregate），而影响下游的纯化和分析。
3.嘌呤含量。
嘌呤含量高的PNA，特别是鸟嘌呤G,也容易发生聚集沉淀（aggregate）。所以，在任何10个连续的PNA单体中，不要有6个或者更多的嘌呤出现。因此，从这意义上讲，越短的PNA序列，那么就越不需要担心设计上出现问题。
4.自身互补。
尽量来防止自身互补（Self-complementarity）的发生。在序列设计上，避免反向重复（inverse repeats），发夹结构（hairpin forming），和回文序列（palindromic sequences）。
5.改善溶解性。
当 PNA 链较长（>22mer）或者嘌呤含量高（>60%） 时，为了提高 PNA 探针的溶解性，我们建议在序列中加入一些助溶基团如 O linker、E linker、X linker 或者两个赖氨酸。当 PNA 偶联多肽或染料时，接头（linker） 可以起到空间间隔（spacer）的作用。
6. 标记 PNA。
PNA 链 5' 端和 3' 端均可以标记。由于 3' 端是非活性基团（-CONH2），所以需加入一个赖氨酸，其侧链上的氨基可以用来标记。如果在 5' 端标记，我们建议在 PNA 和标记物之间加 1~2 O linkers。标记物：荧光基团（—NHS 酯或羧基酰胺）、生物素等。
荧光标记物种类
PNA相关知识
1.溶解性（Solubility)。
PNA通常很容易在水中溶解（可达几百uM)。但是一些特殊的序列或者经过修饰的PNA，会出现溶解性降低的现象。此时需要参照以下的方法：
a)在60°C中加热大约10分钟。
b)加入0.1% TFA或者10-20%的乙腈，或者其他的有机溶剂，例如（DMF,NMP等）。
2.保存（Storage)。
虽然PNA在常温下非常稳定，但是我们还是建议将PNA在4°C中保存。
a)100nmol的PNA一般很容易在1-2毫升的水中溶解。
b)我们建议分装一下。每个分装后的PNA可以在每次使用前稀释在适当的缓冲液中。
c)如果需要在零下20度长时间保存的话，请将PNA冻干保存。
d)也可以将PNA溶解后在零下20度长期保存，而不会对PNA的效用有任何的影响。这种方法特别适用于嘌呤含量高的短PNA。
e)我们建议用聚丙烯或者聚乙烯的试管来保存PNA，而不是使用玻璃或者聚苯乙烯的管子。"
3.缓冲液选择
a)用于DNA。PNA/DNA杂交体的Tm和离子强度没有关系，因此，即使在较低的离子浓度下，PNA也可以非常有效地结合到DNA。
b)如果用于RNA,低盐条件会有助于RNA三级结构变性，从而使得PNA更容易和RNA杂交。
